Следствие обвинило Масликова в получении взятки (ч. 3 и 5 ст. 290 УК РФ) и легализации денежных средств на общую сумму около 700 тыс. рублей (пункт «в» ч. 3 ст. 174.1).
Масликов был арестован 5 февраля 2018 года по обвинению в получении взятки на сумму 195 тыс. рублей и отправлен в СИЗО. В поддержку директора планетария выступили представители десятков образовательных и научных учреждений, космонавты, ученые, депутаты, руководители российских планетариев, лично знавшие Масликова. Петиция в защиту ученого набрала 10 тыс. голосов.
Взятками следствие посчитало деньги, полученные от сдачи в аренду имущества планетария, в том числе, кинокамеры. После двух месяцев в СИЗО и четырех месяцев домашнего ареста следователи изменили обвинение на злоупотребление должностными полномочиями, а Сергей Масликов вышел на свободу с подпиской о невыезде. Позже следствие вернулось к более жесткой формулировке со взятками — в таком виде дело и поступило в суд в феврале 2019 года.